Jest on największym problemem w fibromialgii, ma on charakter przewlekły. Może pojawiać się co jakiś czas i mijać lub występować codziennie i trwać bardzo długo. Osoby, które cierpią na fibromialgię opisują bóle jako głębokie, rozlane, pulsujące, świdrujące, kłujące, strzelające. Najczęściej umiejscawia się w okolicach dużych stawów, obejmuje szyję, kark, plecy, łopatki oraz ręce. Może jednak wędrować do wszystkich części ciała oraz zmieniać intensywność. W późniejszych stadiach fibromialgii chorzy skarżą się np. na bóle w okolicy szczęk, w klatce piersiowej, zgięciach palców rąk jak też nóg. Często pojawia się też uczucie drętwienia, mrowienia, pieczenia, sztywność mięśni. Dolegliwości te nasila zimno, wilgoć, wyczerpujący wysiłek fizyczny albo psychiczny, stres.